Ticket #7271: polybori_fixes.patch

File polybori_fixes.patch, 13.6 KB (added by malb, 12 years ago)

  • c_lib/include/pb_wrap.h 

    # HG changeset patch
# User Martin Albrecht <malb@informatik.uni-bremen.de>
# Date 1255373013 -3600
# Node ID e8436f9d468b13c91560af38f2839beeacfaa568
# Parent  f872a92f5f9afff4b4971afc82bf9270faec269b
implemented ring.var() and various functions required for PolyBoRi update

diff -r f872a92f5f9a -r e8436f9d468b c_lib/include/pb_wrap.h
    a b  
    33#include "nf.h"
    44#include "fglm.h"
    55#include "interpolate.h"
     6#include "randomset.h"
    67#include "ccobject.h"
    78
    89// M4RI
    … …  
    8586    strat.addNonTrivialImplicationsDelayed(strat.generators[i]);
    8687}
    8788
     89#define PBPolyVector_set(v,i,p) v[i] = p

  • module_list.py 

    diff -r f872a92f5f9a -r e8436f9d468b module_list.py
    a b  
    12451245              libraries=['m4ri', 'polybori','pboriCudd','groebner','gd'],
    12461246              include_dirs = [SAGE_ROOT+'/local/include/cudd',
    12471247                              SAGE_ROOT+'/local/include/polybori',
    1248                               SAGE_ROOT+'/local/include/polybori/groebner'],
     1248                              SAGE_ROOT+'/local/include/polybori/groebner',
     1249                              "sage/libs/polybori"],
    12491250              depends = [SAGE_ROOT + "/local/include/polybori/polybori.h"],
    12501251              extra_compile_args = polybori_extra_compile_args,
    12511252              language = 'c++'),

  • sage/crypto/mq/mpolynomialsystem.py 

    diff -r f872a92f5f9a -r e8436f9d468b sage/crypto/mq/mpolynomialsystem.py
    a b  
    11471147                    ij = ij - len(r)
    11481148                else:
    11491149                    return r[ij]
     1150            raise IndexError("index out of range")
    11501151
    11511152    def __contains__(self, element):
    11521153        """

  • sage/crypto/mq/mpolynomialsystemgenerator.py 

    diff -r f872a92f5f9a -r e8436f9d468b sage/crypto/mq/mpolynomialsystemgenerator.py
    a b  
    1313    """
    1414
    1515    def __getattr__(self, attr):
     16        """
     17        EXAMPLE::
     18
     19            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     20            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     21            sage: msg.R
     22            Traceback (most recent call last):                                                     
     23            ...
     24            NotImplementedError   
     25        """
    1626        if attr == "R":
    1727            self.R = self.ring()
    1828            return self.R
    1929        else:
    20             raise AttributeError
     30            raise AttributeError("'%s' object has no attribute '%s'"%(self.__class__,attr))
    2131
    2232    def varformatstr(self, name):
    2333        """
    … …  
    3141
    3242        INPUT:
    3343            name -- string
     44
     45        EXAMPLE::
     46
     47            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     48            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     49            sage: msg.varformatstr('K')
     50            Traceback (most recent call last):                                                     
     51            ...
     52            NotImplementedError   
    3453        """
    3554        raise NotImplementedError
    3655       
    … …  
    4463        INPUT:
    4564            name -- string
    4665            round -- integer index
     66
     67        EXAMPLE::
     68
     69            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     70            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     71            sage: msg.varstrs('K', i)
     72            Traceback (most recent call last):                                                     
     73            ...
     74            NotImplementedError   
    4775        """
    4876        raise NotImplementedError
    4977
    … …  
    5583        INPUT:
    5684            name -- string
    5785            round -- integer index
     86
     87        EXAMPLE::
     88
     89            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     90            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     91            sage: msg.vars('K',0)
     92            Traceback (most recent call last):                                                     
     93            ...
     94            NotImplementedError   
    5895        """
    5996        raise NotImplementedError
    6097
    6198    def ring(self):
    6299        """
    63100        Return the ring in which the system is defined.
     101
     102        EXAMPLE::
     103
     104            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     105            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     106            sage: msg.ring()
     107            Traceback (most recent call last):                                                     
     108            ...
     109            NotImplementedError   
    64110        """
    65111        raise NotImplementedError
    66112
    … …  
    68114        """
    69115        Return a block term ordering for the equation systems
    70116        generated by self.
     117
     118        EXAMPLE::
     119
     120            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     121            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     122            sage: msg.block_order()
     123            Traceback (most recent call last):                                                     
     124            ...
     125            NotImplementedError   
    71126        """
    72127        raise NotImplementedError
    73128
    … …  
    78133        INPUT:
    79134            P -- plaintext (vector, list)
    80135            K -- key (vector, list)
     136
     137        EXAMPLE::
     138
     139            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     140            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     141            sage: msg(None, None)
     142            Traceback (most recent call last):                                                     
     143            ...
     144            NotImplementedError   
    81145        """
    82146        raise NotImplementedError
    83147
    84148    def sbox(self):
    85149        """
    86150        Return SBox object for self.
     151
     152        EXAMPLE::
     153
     154            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     155            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     156            sage: msg.sbox()
     157            Traceback (most recent call last):                                                     
     158            ...
     159            AttributeError: '<class 'sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator.MPolynomialSystemGenerator'>' object has no attribute '_sbox'
    87160        """
    88161        return self._sbox
    89162
    … …  
    96169        INPUT:
    97170            P -- plaintext (vector, list)
    98171            K -- key (vector, list)
     172
     173        EXAMPLE::
     174
     175            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     176            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     177            sage: msg.polynomial_system()
     178            Traceback (most recent call last):                                                     
     179            ...
     180            NotImplementedError   
    99181        """
    100182        raise NotImplementedError
    101183
    … …  
    103185        """
    104186        Return random element. Usually this is a list of elements in
    105187        the base field of length 'blocksize'.
     188
     189        EXAMPLE::
     190
     191            sage: from sage.crypto.mq.mpolynomialsystemgenerator import MPolynomialSystemGenerator
     192            sage: msg = MPolynomialSystemGenerator()
     193            sage: msg.random_element()
     194            Traceback (most recent call last):                                                     
     195            ...
     196            NotImplementedError   
    106197        """
    107198        raise NotImplementedError
    108199

  • sage/libs/polybori/decl.pxd 

    diff -r f872a92f5f9a -r e8436f9d468b sage/libs/polybori/decl.pxd
    a b  
    431431
    432432    PBPolyVector pb_gauss_on_polys "gauss_on_polys" (PBPolyVector inp)
    433433
     434    PBPolyVector pb_easy_linear_factors "easy_linear_factors"(PBPoly p)
     435
    434436    PBPoly pb_substitute_variables "substitute_variables<std::vector<BoolePolynomial>, BoolePolynomial>" (PBPolyVector vec, PBPoly poly)
    435437
    436438    void pb_append_block "BooleEnv::appendBlock" (int ind)
    … …  
    441443    char * pb_get_variable_name "BooleEnv::getVariableName" \
    442444        (int idx)
    443445
     446    PBSet pb_random_set "random_set" (PBMonom variables, int length)
     447    void pb_set_random_seed "set_random_seed" (unsigned int seed)
     448
    444449    #M4RI initialization
    445450    void m4ri_build_all_codes()
    446451    void m4ri_destroy_all_codes()
     452
     453    void PBPolyVector_set(PBPolyVector v, int i, PBPoly p)

  • sage/rings/polynomial/pbori.pyx 

    diff -r f872a92f5f9a -r e8436f9d468b sage/rings/polynomial/pbori.pyx
    a b  
    12851285#
    12861286###
    12871287
     1288    def var(self, i=0):
     1289        """
     1290        Returns the i-th generator of this boolean polynomial ring.
     1291       
     1292        INPUT:
     1293       
     1294        - ``i`` - an integer or a boolean monomial in one variable
     1295       
     1296        EXAMPLES::
     1297       
     1298            sage: P.<x,y,z> = BooleanPolynomialRing(3)
     1299            sage: P.var()
     1300            x
     1301            sage: P.var(2)
     1302            z
     1303            sage: m = x.monomials()[0]
     1304            sage: P.var(m)
     1305            x
     1306       
     1307        TESTS::
     1308       
     1309            sage: P.<x,y,z> = BooleanPolynomialRing(3, order='dp')
     1310            sage: P.var(0)
     1311            x
     1312        """
     1313        if PY_TYPE_CHECK(i, BooleanMonomial):
     1314            if len(i) == 1:
     1315                i = i.index()
     1316            else:
     1317                raise TypeError, "Boolean monomials must be in one variable only."
     1318        i = int(i)
     1319        if i < 0 or i >= self._pbring.nVariables():
     1320            raise ValueError, "Generator not defined."
     1321        return new_BP_from_DD(self, self._pbring.variable(self.pbind[i]))
     1322
    12881323    def _change_ordering(self, int order):
    12891324        r"""
    12901325        Change the ordering of this boolean polynomial ring. Do NOT call
    … …  
    41864221          to ``True`` linear algebra takes affect in this
    41874222          block. (default: ``True``)
    41884223       
     4224        - "gauss_on_linear" - perform Gaussian elimination on linear
     4225           polynomials (default: ``True``)
     4226
    41894227        - ``selection_size`` - maximum number of polynomials for
    41904228          parallel reductions (default: ``1000``)
    41914229       
    … …  
    42574295        if "redsb" not in kwds:
    42584296            kwds["redsb"]=True
    42594297        set_cring(self.ring())
    4260         #_sig_on
     4298        _sig_on
    42614299        gb = groebner_basis(self.gens(), **kwds)
    4262         #_sig_off
     4300        _sig_off
    42634301        if kwds.get("deg_bound", False) is False:
    42644302            g = GroebnerStrategy()
    42654303            for p in gb:
    … …  
    52385276            raise IndexError
    52395277        return new_BP_from_PBPoly(self._parent, self._vec.get(i))
    52405278
     5279
     5280    def __setitem__(self, ind, p):
     5281        """
     5282        EXAMPLE::
     5283
     5284            sage: B.<a,b,c,d,e,f> = BooleanPolynomialRing()
     5285            sage: from polybori import BooleanPolynomialVector
     5286            sage: l = [B.random_element() for _ in range(3)]
     5287            sage: v = BooleanPolynomialVector(l)
     5288            sage: len(v)
     5289            3
     5290            sage: v[0] = a; v[0]
     5291            a
     5292            sage: v[-1] = b; v[-1]
     5293            b
     5294            sage: v[3] = c
     5295            Traceback (most recent call last):                                                     
     5296            ...
     5297            IndexError
     5298        """
     5299        cdef long i = int(ind)
     5300        while i < 0:
     5301            i += self._vec.size()
     5302        if i >= self._vec.size():
     5303            raise IndexError
     5304        if not PY_TYPE_CHECK(p, BooleanPolynomialVector):
     5305            p = self._parent(p)
     5306
     5307        PBPolyVector_set(self._vec, i, (<BooleanPolynomial>p)._pbpoly)
     5308
    52415309    def append(self, el):
    52425310        """
    52435311        Append the element ``el`` to this vector.
    … …  
    54165484            sage: red.add_generator(y*z + z)
    54175485
    54185486            sage: red.head_normal_form(x + y*z)
    5419             x + y*z
     5487            y + z + 1
    54205488
    54215489            sage; red.nf(x + y*z)
    54225490            y + z + 1
    … …  
    69837051            _vec.append(f)
    69847052    return new_BP_from_PBPoly((<BooleanPolynomialRing>poly._parent), pb_substitute_variables(_vec._vec, poly._pbpoly))
    69857053
     7054
     7055def set_random_seed(seed):
     7056    """
     7057    The the PolyBoRi random seed to ``seed``
     7058
     7059    EXAMPLE::
     7060
     7061        sage: from polybori import random_set, set_random_seed
     7062        sage: B.<a,b,c,d,e> = BooleanPolynomialRing()
     7063        sage: (a*b*c*d).lm()
     7064        a*b*c*d
     7065        sage: set_random_seed(1337)
     7066        sage: random_set((a*b*c*d).lm(),2)
     7067        {{b,c}, {b}}
     7068        sage: random_set((a*b*c*d).lm(),2)
     7069        {{a,c}, {}}
     7070
     7071        sage: set_random_seed(1337)
     7072        sage: random_set((a*b*c*d).lm(),2)
     7073        {{b,c}, {b}}
     7074        sage: random_set((a*b*c*d).lm(),2)
     7075        {{a,c}, {}}
     7076    """
     7077    pb_set_random_seed(seed)
     7078
     7079def random_set(BooleanMonomial variables, length):
     7080    """
     7081    Return a random set of monomials with ``length`` elements with
     7082    each element in the variables ``variables``.
     7083
     7084    EXAMPLE::
     7085
     7086        sage: from polybori import random_set, set_random_seed
     7087        sage: B.<a,b,c,d,e> = BooleanPolynomialRing()
     7088        sage: (a*b*c*d).lm()
     7089        a*b*c*d
     7090        sage: set_random_seed(1337)
     7091        sage: random_set((a*b*c*d).lm(),10)
     7092        {{a,b,c,d}, {a,b,d}, {a,c}, {a,d}, {a}, {b,c}, {b}, {c,d}, {c}, {}}
     7093    """
     7094    cdef PBSet r
     7095    r =  pb_random_set(variables._pbmonom, length)
     7096    return new_BS_from_PBSet(r, variables._ring)
     7097
     7098def easy_linear_factors(BooleanPolynomial p):
     7099    return new_BPV_from_PBPolyVector(p._parent, pb_easy_linear_factors(p._pbpoly))
     7100
    69867101def unpickle_BooleanPolynomial(ring, string):
    69877102    """
    69887103    Unpickle boolean polynomials