source: setup.py @ 6015:344d714d7a89

Revision 6015:344d714d7a89, 37.5 KB checked in by William Stein <wstein@…>, 6 years ago (diff)

Fix to setup.py so python setup.py dist works.
Line 
1#!/usr/bin/env python
2DEVEL = False
3
4import distutils.sysconfig, os, sys
5from distutils.core import setup, Extension
6
7
8## Choose cblas library -- note -- make sure to update sage/misc/cython.py
9## if you change this!!
10if os.environ.has_key('SAGE_BLAS'):
11    BLAS=os.environ['SAGE_BLAS']
12elif os.path.exists('/usr/lib/libcblas.dylib') or \
13     os.path.exists('/usr/lib/libcblas.so'):
14    BLAS='cblas'
15elif os.path.exists('/usr/lib/libblas.dll.a'):   
16    BLAS='gslcblas'
17else:
18    # This is very slow  (?), but *guaranteed* to be available.
19    BLAS='gslcblas' 
20
21if len(sys.argv) > 1 and sys.argv[1] == "sdist":
22    sdist = True
23else:
24    sdist = False
25
26NO_WARN = True
27
28if not os.environ.has_key('SAGE_ROOT'):
29    print "    ERROR: The environment variable SAGE_ROOT must be defined."
30    sys.exit(1)
31else:
32    SAGE_ROOT  = os.environ['SAGE_ROOT']
33    SAGE_LOCAL = SAGE_ROOT + '/local/'
34    SAGE_DEVEL = SAGE_ROOT + '/devel/'
35
36
37if not os.environ.has_key('SAGE_VERSION'):
38    SAGE_VERSION=0
39else:
40    SAGE_VERSION = os.environ['SAGE_VERSION']
41
42SITE_PACKAGES = '%s/lib/python/site-packages/'%SAGE_LOCAL
43if not os.path.exists(SITE_PACKAGES):
44    SITE_PACKAGES = '%s/lib/python2.5/site-packages/'%SAGE_LOCAL
45    if not os.path.exists(SITE_PACKAGES):
46        SITE_PACKAGES = '%s/lib/python2.4/site-packages/'%SAGE_LOCAL
47        if not os.path.exists(SITE_PACKAGES):       
48            raise RuntimeError, "Unable to find site-packages directory (see setup.py file in sage python code)."
49
50SITE_PACKAGES_REL=SITE_PACKAGES[len(SAGE_LOCAL)+5:]
51       
52if not os.path.exists('build/sage'):
53    os.makedirs('build/sage')
54
55sage_link = SITE_PACKAGES + '/sage'
56if not os.path.islink(sage_link) or not os.path.exists(sage_link):
57    os.system('rm -rf "%s"'%sage_link)
58    os.system('cd %s; ln -sf ../../../../devel/sage/build/sage .'%SITE_PACKAGES)
59
60
61def is_older(file1, file2):
62    """
63    Return True if either file2 does not exist or is older than file1.
64
65    If file1 does not exist, always return False.
66    """
67    if not os.path.exists(file1):
68        return False
69    if not os.path.exists(file2):
70        return True
71    if os.path.getmtime(file2) < os.path.getmtime(file1):
72        return True
73    return False
74
75def is_src_file( f ):
76    ext = os.path.splitext( f )[1]
77    return ext == ".h" or ext == ".c" or ext == ".cpp"
78
79def needs_c_lib_build():
80    lib = '../../local/lib/libcsage.so'
81    try:
82        files = os.listdir( 'c_lib' )
83    except OSError:  # during setup.py sdist
84        return False
85    src_files = ['c_lib/' + f for f in files if is_src_file( f )]
86    src_files += ['c_lib/SConstruct']
87    for f in src_files:
88        if is_older( f, lib ):
89            return True
90    return False
91
92#### Build the c_lib first
93if needs_c_lib_build() and os.system( "cd c_lib && scons install" ) != 0:
94    print "    ERROR: The c_lib did not build successfully."
95    sys.exit(1) 
96
97include_dirs = ['%s/include'%SAGE_LOCAL, '%s/include/python'%SAGE_LOCAL, \
98                '%s/sage/sage/ext'%SAGE_DEVEL]
99
100def is_src_file( f ):
101    ext = os.path.splitext( f )[1]
102    return ext == ".h" or ext == ".c" or ext == ".cc"
103
104def needs_c_lib_build():
105    lib = '../../local/lib/libcsage.so'
106    try:
107       files = os.listdir( 'c_lib/src' )
108    except OSError:
109        return False
110    src_files = ['c_lib/src/' + f for f in files if is_src_file( f )]
111    src_files += ['c_lib/configure', 'c_lib/Makefile']
112    for f in src_files:
113        if is_older( f, lib ):
114            return True
115    return False
116
117#### Build the c_lib first
118if needs_c_lib_build() and os.system( "cd c_lib && make install" ) != 0:
119    print "    ERROR: The c_lib did not build successfully."
120    sys.exit(1) 
121
122#####################################################   
123       
124hanke = Extension(name = "sage.libs.hanke.hanke",
125              sources = ["sage/libs/hanke/hanke.pyx",
126                         "sage/libs/hanke/wrap.cc",
127                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/Matrix_mpz.cc",
128                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/CountLocal2.cc",
129                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/CountLocal.cc",
130                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/Local_Constants.cc",
131                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/Local_Density_Front.cc",
132                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/Local_Density_Congruence.cc",
133                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/Local_Normal.cc",
134                         "sage/libs/hanke/Matrix_mpz/Local_Invariants.cc",
135                         "sage/libs/hanke/Utilities/string_utils.cc",
136                         "sage/libs/hanke/GMP_class_extras/mpz_class_extras.cc",
137                         "sage/libs/hanke/GMP_class_extras/vectors.cc" ],
138                   libraries = ["gmp", "gmpxx", "stdc++"])
139
140
141# NOTE: It is *very* important (for cygwin) that csage be the first library
142# listed below for ntl.
143ntl = Extension('sage.libs.ntl.ntl',
144                 sources = ["sage/libs/ntl/ntl.pyx"],
145                 libraries = ["csage", "ntl", "gmp", "gmpxx", "m", "stdc++"]
146                 )
147
148mwrank =  Extension("sage.libs.mwrank.mwrank",
149                    sources = ["sage/libs/mwrank/mwrank.pyx",
150                         "sage/libs/mwrank/wrap.cc"],
151                    define_macros = [("NTL_ALL",None)],
152                    libraries = ["mwrank", "ntl", "gmp", "gmpxx", "stdc++", "m", "pari"])
153
154pari = Extension('sage.libs.pari.gen',
155                 sources = ["sage/libs/pari/gen.pyx"],
156                 libraries = ['pari', 'gmp'])
157
158
159givaro_gfq = Extension('sage.rings.finite_field_givaro',
160                       sources = ["sage/rings/finite_field_givaro.pyx"],
161                       libraries = ['givaro', 'gmpxx', 'gmp', 'm', 'stdc++', ],   # this order is needed to compile under windows.
162                       language='c++'
163                       )
164
165
166qd = Extension('sage.rings.real_rqdf',
167                       sources = ["sage/rings/real_rqdf.pyx"],
168                       libraries = ['qd', 'm', 'stdc++','gmp','mpfr' ],
169                       language='c++'
170                       )
171
172matrix = Extension('sage.matrix.matrix', ['sage/matrix/matrix.pyx'])
173
174matrix_misc = Extension('sage.matrix.misc', ['sage/matrix/misc.pyx'],
175                        libraries=['gmp'])
176
177matrix_dense = Extension('sage.matrix.matrix_dense',
178                         ['sage/matrix/matrix_dense.pyx'])
179             
180matrix_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_sparse',
181                          ['sage/matrix/matrix_sparse.pyx'])
182
183matrix_generic_dense = Extension('sage.matrix.matrix_generic_dense',
184                                 ['sage/matrix/matrix_generic_dense.pyx'])
185             
186matrix_generic_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_generic_sparse',
187                                  ['sage/matrix/matrix_generic_sparse.pyx'])
188
189matrix_domain_dense = Extension('sage.matrix.matrix_domain_dense',
190                                ['sage/matrix/matrix_domain_dense.pyx'])
191
192matrix_domain_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_domain_sparse',
193              ['sage/matrix/matrix_domain_sparse.pyx'])
194             
195matrix_pid_dense = Extension('sage.matrix.matrix_pid_dense',
196                       ['sage/matrix/matrix_pid_dense.pyx'])
197             
198matrix_pid_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_pid_sparse',
199                       ['sage/matrix/matrix_pid_sparse.pyx'])
200
201
202matrix_integer_2x2 = Extension('sage.matrix.matrix_integer_2x2',
203                                 ['sage/matrix/matrix_integer_2x2.pyx'],
204                                 libraries = ['gmp'])
205
206linbox = Extension('sage.libs.linbox.linbox',
207                   ['sage/libs/linbox/linbox.pyx'],
208                   # For this to work on cygwin, linboxwrap *must* be before ntl.
209                   libraries = ['linboxwrap', 'ntl', 'linbox', 'gmp', 'gmpxx', 'stdc++', 'givaro', BLAS],
210                   language = 'c++')
211
212libsingular = Extension('sage.libs.singular.singular',
213                        sources = ['sage/libs/singular/singular.pyx'],
214                        libraries = ['gmp', 'm', 'readline', 'singular', 'singfac', 'singcf', 'omalloc', 'givaro', 'gmpxx'],
215                        language="c++",
216                        include_dirs=[SAGE_ROOT +'/local/include/singular']
217                        )
218
219
220matrix_modn_dense = Extension('sage.matrix.matrix_modn_dense',
221                              ['sage/matrix/matrix_modn_dense.pyx'],
222                              libraries = ['gmp'])
223
224matrix_mod2_dense = Extension('sage.matrix.matrix_mod2_dense',
225                              ['sage/matrix/matrix_mod2_dense.pyx',
226                               'sage/libs/m4ri/packedmatrix.c',
227                               'sage/libs/m4ri/matrix.c',
228                               'sage/libs/m4ri/brilliantrussian.c',
229                               'sage/libs/m4ri/grayflex.c',],
230                              libraries = ['gmp'])
231
232matrix_modn_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_modn_sparse',
233                               ['sage/matrix/matrix_modn_sparse.pyx'])
234   
235matrix_field_dense = Extension('sage.matrix.matrix_field_dense',
236                       ['sage/matrix/matrix_field_dense.pyx'])
237   
238matrix_field_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_field_sparse',
239                       ['sage/matrix/matrix_field_sparse.pyx'])
240
241matrix_rational_dense = Extension('sage.matrix.matrix_rational_dense',
242                                  ['sage/matrix/matrix_rational_dense.pyx'],
243                                 libraries = ['gmp'])
244
245matrix_integer_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_integer_sparse',
246                                  ['sage/matrix/matrix_integer_sparse.pyx'],
247                                  libraries = ['gmp'])
248
249matrix_rational_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_rational_sparse',
250                                  ['sage/matrix/matrix_rational_sparse.pyx'],
251                                 libraries = ['gmp'])
252
253# TODO -- change to use BLAS at some point.
254matrix_integer_dense = Extension('sage.matrix.matrix_integer_dense',
255                                 ['sage/matrix/matrix_integer_dense.pyx'],
256                                  libraries = ['iml', 'gmp', 'm', BLAS])  # order matters for cygwin!!
257
258matrix_real_double_dense=Extension('sage.matrix.matrix_real_double_dense',
259   ['sage/matrix/matrix_real_double_dense.pyx'],libraries=['gsl',BLAS],
260   define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')],include_dirs=[SAGE_ROOT+'/local/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include/numpy'])
261
262matrix_complex_double_dense=Extension('sage.matrix.matrix_complex_double_dense',
263   ['sage/matrix/matrix_complex_double_dense.pyx'],libraries=['gsl',BLAS],
264   define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')],include_dirs=[SAGE_ROOT+'/local/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include/numpy'])
265
266
267solve = Extension('sage.matrix.solve',['sage/matrix/solve.pyx'],libraries = ['gsl',BLAS],define_macros = 
268   [('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
269
270matrix_cyclo_dense = Extension('sage.matrix.matrix_cyclo_dense',
271                               ['sage/matrix/matrix_cyclo_dense.pyx'])
272
273matrix_rational_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_rational_sparse',
274                                   ['sage/matrix/matrix_rational_sparse.pyx'],
275                                   libraries = ['gmp'])
276
277matrix_cyclo_sparse = Extension('sage.matrix.matrix_cyclo_sparse',
278                                   ['sage/matrix/matrix_cyclo_sparse.pyx'])
279
280
281matrix_mpolynomial_dense = Extension('sage.matrix.matrix_mpolynomial_dense',
282                                     ['sage/matrix/matrix_mpolynomial_dense.pyx'],
283                                     libraries = ['gmp', 'm', 'readline', 'singular', 'singcf', 'singfac', 'omalloc', 'givaro', 'gmpxx'],
284                                     language="c++",
285                                     include_dirs=[SAGE_ROOT +'/local/include/singular'])
286
287#matrix_padic_capped_relative_dense = Extension('sage.matrix.padics.matrix_padic_capped_relative_dense',
288#                                               ['sage/matrix/padics/matrix_padic_capped_relative_dense.pyx'])
289
290complex_number = Extension('sage.rings.complex_number',
291                            ['sage/rings/complex_number.pyx'],
292                            libraries = ['mpfr', 'gmp'])
293
294free_module_element = Extension('sage.modules.free_module_element',
295                                ['sage/modules/free_module_element.pyx'])
296
297################ GSL wrapping ######################
298gsl_probability=Extension('sage.gsl.probability_distribution',['sage/gsl/probability_distribution.pyx'],libraries=['gsl',BLAS],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
299gsl_integration=Extension('sage.gsl.integration',['sage/gsl/integration.pyx'],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')], libraries=['gsl',BLAS])
300
301gsl_ode = Extension('sage.gsl.ode',['sage/gsl/ode.pyx'],libraries=['gsl',BLAS],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
302
303gsl_fft = Extension('sage.gsl.fft',
304                ['sage/gsl/fft.pyx'],
305                libraries = ['gsl', BLAS],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
306
307gsl_interpolation = Extension('sage.gsl.interpolation',
308                ['sage/gsl/interpolation.pyx'],
309                libraries = ['gsl', BLAS], 
310define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
311
312gsl_callback = Extension('sage.gsl.callback',
313                ['sage/gsl/callback.pyx'],
314                libraries = ['gsl', BLAS]
315,define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
316
317real_double = Extension('sage.rings.real_double',
318                ['sage/rings/real_double.pyx'],
319                libraries = ['gsl', 'gmp', BLAS],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
320
321complex_double = Extension('sage.rings.complex_double',
322                           ['sage/rings/complex_double.pyx'],
323                           libraries = ['gsl', BLAS, 'pari', 'gmp'])
324
325real_double_vector = Extension('sage.modules.real_double_vector',['sage/modules/real_double_vector.pyx'],
326                              libraries = ['gsl',BLAS,'pari','gmp'],define_macros = [('GSL_DISABLE_DEPRECAED','1')],include_dirs=[SAGE_ROOT+'/local/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include/numpy'])
327
328complex_double_vector = Extension('sage.modules.complex_double_vector',['sage/modules/complex_double_vector.pyx'],
329                           libraries = ['gsl', BLAS, 'pari', 'gmp'],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')],include_dirs=[SAGE_ROOT+'/local/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include/numpy'])
330
331
332vector_integer_dense = Extension('sage.modules.vector_integer_dense',
333                                 ['sage/modules/vector_integer_dense.pyx'],
334                                 libraries = ['gmp'])
335
336vector_modn_dense = Extension('sage.modules.vector_modn_dense',
337                                 ['sage/modules/vector_modn_dense.pyx'])
338
339vector_rational_sparse = Extension('sage.modules.vector_rational_sparse',
340                                 ['sage/modules/vector_rational_sparse.pyx'],
341                                 libraries = ['gmp'])
342
343vector_rational_dense = Extension('sage.modules.vector_rational_dense',
344                                 ['sage/modules/vector_rational_dense.pyx'],
345                                 libraries = ['gmp'])
346
347gsl_array = Extension('sage.gsl.gsl_array',['sage/gsl/gsl_array.pyx'],
348                libraries=['gsl',BLAS],define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
349
350gsl_ode = Extension('sage.gsl.ode',['sage/gsl/ode.pyx'],libraries=['gsl',BLAS],
351                define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
352
353
354dwt = Extension('sage.gsl.dwt',['sage/gsl/dwt.pyx'],
355                 libraries=['gsl',BLAS],
356                 define_macros=[('GSL_DISABLE_DEPRECATED','1')])
357
358
359sagex_ds = Extension('sage.misc.sagex_ds', ['sage/misc/sagex_ds.pyx'])
360
361
362#####################################################
363
364ext_modules = [ \
365    free_module_element, 
366   
367    complex_double_vector,
368    real_double_vector,
369   
370    vector_integer_dense,
371    vector_modn_dense,
372    vector_rational_dense,
373
374    #vector_rational_sparse,
375
376    pari, 
377
378    mwrank, 
379
380    ntl, 
381
382    matrix,
383   
384    matrix_misc,
385
386    matrix_dense,
387    matrix_generic_dense,
388
389    matrix_sparse,
390    matrix_generic_sparse,
391
392##     matrix_domain_dense,
393##     matrix_domain_sparse,
394
395##     matrix_pid_dense,
396##     matrix_pid_sparse,
397
398##     matrix_field_dense,
399##     matrix_field_sparse,
400
401     matrix_integer_dense,
402     matrix_rational_dense,
403     matrix_rational_sparse,
404     matrix_integer_2x2,
405     matrix_integer_sparse,   
406     matrix_real_double_dense,
407     matrix_complex_double_dense,
408#     matrix_padic_capped_relative_dense,
409     solve,
410     linbox,
411     matrix_modn_dense,
412     matrix_modn_sparse,
413     matrix_mod2_dense,
414     matrix_mpolynomial_dense, \
415
416     givaro_gfq, \
417
418     libsingular, \
419
420##     matrix_rational_sparse,
421
422##     matrix_cyclo_dense,
423##     matrix_cyclo_sparse,
424
425   
426    dwt,
427
428    gsl_array,
429    gsl_ode,
430    gsl_fft,
431    gsl_interpolation,
432    gsl_callback,
433    gsl_probability,
434    gsl_integration,
435    real_double,
436    complex_double,
437    qd,   
438
439    complex_number,
440
441    sagex_ds,
442
443    Extension('sage.media.channels',
444              sources = ['sage/media/channels.pyx']), \
445   
446    Extension('sage.ext.sig',
447              sources = ['sage/ext/sig.pyx']), \
448
449    Extension('sage.ext.arith',
450              sources = ['sage/ext/arith.pyx']), \
451
452    Extension('sage.ext.arith_gmp',
453              sources = ['sage/ext/arith_gmp.pyx'],
454              libraries=['gmp']), \
455
456    Extension('sage.ext.multi_modular',
457              sources = ['sage/ext/multi_modular.pyx'],
458              libraries=['gmp']), \
459
460    Extension('sage.structure.coerce',
461              sources = ['sage/structure/coerce.pyx']), \
462
463    Extension('sage.modular.congroup_pyx',
464              sources = ['sage/modular/congroup_pyx.pyx', \
465                         'sage/ext/arith.pyx']), \
466
467    Extension('sage.structure.element',
468              sources = ['sage/structure/element.pyx']), \
469
470    Extension('sage.categories.morphism',
471              sources = ['sage/categories/morphism.pyx']), \
472             
473    Extension('sage.categories.functor',
474              sources = ['sage/categories/functor.pyx']), \
475             
476    Extension('sage.categories.action',
477              sources = ['sage/categories/action.pyx']), \
478             
479    Extension('sage.modules.module',
480              sources = ['sage/modules/module.pyx']), \
481
482    Extension('sage.rings.ring',
483              sources = ['sage/rings/ring.pyx']), \
484
485    Extension('sage.rings.polynomial.multi_polynomial',
486              sources = ['sage/rings/polynomial/multi_polynomial.pyx']
487              ), \
488
489    Extension('sage.rings.polynomial.multi_polynomial_ring_generic',
490              sources = ['sage/rings/polynomial/multi_polynomial_ring_generic.pyx']
491              ), \
492
493    Extension('sage.rings.polynomial.multi_polynomial_libsingular',
494              sources = ['sage/rings/polynomial/multi_polynomial_libsingular.pyx'],
495              libraries = ['gmp', 'm', 'readline', 'singular', 'singcf', 'singfac', 'omalloc', 'givaro', 'gmpxx'],
496              language="c++",
497              include_dirs=[SAGE_ROOT +'/local/include/singular']), \
498
499    Extension('sage.rings.polynomial.multi_polynomial_ideal_libsingular',
500              sources = ['sage/rings/polynomial/multi_polynomial_ideal_libsingular.pyx'],
501              libraries = ['gmp', 'm', 'readline', 'singular', 'singcf', 'singfac', 'omalloc', 'givaro', 'gmpxx'],
502              language="c++",
503              include_dirs=[SAGE_ROOT +'/local/include/singular']), \
504
505    Extension('sage.groups.group',
506              sources = ['sage/groups/group.pyx']), \
507
508    Extension('sage.structure.sage_object',
509              sources = ['sage/structure/sage_object.pyx'], libraries=['ntl']), \
510
511    Extension('sage.structure.parent',
512              sources = ['sage/structure/parent.pyx']), \
513
514    Extension('sage.structure.parent_base',
515              sources = ['sage/structure/parent_base.pyx']), \
516   
517    Extension('sage.structure.parent_gens',
518              sources = ['sage/structure/parent_gens.pyx']), \
519
520    Extension('sage.ext.interactive_constructors_c',
521              sources = ['sage/ext/interactive_constructors_c.pyx']), \
522
523    Extension('sage.misc.cython_c',
524              sources = ['sage/misc/cython_c.pyx']), \
525
526    Extension('sage.rings.real_mpfr',
527              sources = ['sage/rings/real_mpfr.pyx', 'sage/rings/ring.pyx'],
528              libraries = ['mpfr', 'pari', 'gmp']), \
529
530    Extension('sage.rings.real_mpfi',
531              sources = ['sage/rings/real_mpfi.pyx'],
532              libraries = ['mpfi', 'mpfr', 'gmp']), \
533
534    Extension('sage.rings.integer',
535              sources = ['sage/ext/arith.pyx', 'sage/rings/integer.pyx', \
536                          'sage/ext/mpn_pylong.c', 'sage/ext/mpz_pylong.c'],
537              libraries=['ntl', 'gmp']), \
538
539    Extension('sage.rings.integer_ring',
540              sources = ['sage/rings/integer_ring.pyx'],
541              libraries=['ntl', 'gmp']), \
542
543    Extension('sage.rings.padics.pow_computer',
544              sources = ['sage/rings/padics/pow_computer.pyx'],
545              libraries=['gmp']),
546    Extension('sage.rings.padics.local_generic_element',
547              sources = ['sage/rings/padics/local_generic_element.pyx']),
548    Extension('sage.rings.padics.padic_generic_element',
549              sources = ['sage/rings/padics/padic_generic_element.pyx']),
550    Extension('sage.rings.padics.padic_base_generic_element',
551              sources = ['sage/rings/padics/padic_base_generic_element.pyx']),
552    Extension('sage.rings.padics.padic_fixed_mod_element',
553              sources = ['sage/rings/padics/padic_fixed_mod_element.pyx', \
554                         'sage/rings/padics/padic_generic_element.c'],
555              libraries=['gmp']),
556    Extension('sage.rings.padics.padic_capped_absolute_element',
557              sources = ['sage/rings/padics/padic_capped_absolute_element.pyx', \
558                         'sage/rings/padics/padic_generic_element.c'],
559              libraries=['gmp']),
560    Extension('sage.rings.padics.padic_capped_relative_element',
561              sources = ['sage/rings/padics/padic_capped_relative_element.pyx', \
562                         'sage/rings/padics/padic_generic_element.c'],
563              libraries=['gmp']),
564
565
566    Extension('sage.rings.memory', \
567              sources = ['sage/rings/memory.pyx'], \
568              libraries=['gmp','stdc++']), \
569
570    Extension('sage.rings.bernoulli_mod_p',
571              sources = ['sage/rings/bernoulli_mod_p.pyx', 'sage/ext/arith.pyx'],
572              libraries=['ntl'],
573              include_dirs=['sage/libs/ntl/']), \
574
575    Extension('sage.schemes.hyperelliptic_curves.frobenius',
576                 sources = ['sage/schemes/hyperelliptic_curves/frobenius.pyx',
577                            'sage/schemes/hyperelliptic_curves/frobenius_cpp.cpp'],
578                 libraries = ['ntl', 'stdc++', 'gmp'],
579                 language = 'c++',
580                 include_dirs=['sage/libs/ntl/']), \
581
582    Extension('sage.rings.polynomial.polynomial_compiled',
583               sources = ['sage/rings/polynomial/polynomial_compiled.pyx']), \
584
585    Extension('sage.rings.polynomial.polynomial_element',
586              sources = ['sage/rings/polynomial/polynomial_element.pyx']), \
587
588    Extension('sage.rings.power_series_ring_element',
589              sources = ['sage/rings/power_series_ring_element.pyx']), \
590
591    Extension('sage.rings.power_series_poly',
592              sources = ['sage/rings/power_series_poly.pyx']), \
593
594    Extension('sage.rings.power_series_mpoly',
595              sources = ['sage/rings/power_series_mpoly.pyx']), \
596
597    Extension('sage.rings.laurent_series_ring_element',
598              sources = ['sage/rings/laurent_series_ring_element.pyx']), \
599
600    Extension('sage.rings.rational',
601              sources = ['sage/rings/rational.pyx',
602                         'sage/ext/arith.pyx', \
603                         'sage/rings/integer.pyx', \
604                          'sage/ext/mpn_pylong.c', 'sage/ext/mpz_pylong.c'],
605              libraries=['ntl', 'gmp']), \
606
607    Extension('sage.rings.sparse_poly', 
608              sources = ['sage/rings/sparse_poly.pyx'],
609              libraries=['gmp']), \
610
611    Extension('sage.rings.polynomial.polydict',
612              sources = ['sage/rings/polynomial/polydict.pyx']), \
613
614    Extension('sage.rings.number_field.number_field_element',
615              sources = ['sage/rings/number_field/number_field_element.pyx'],
616              libraries=['ntl','gmp'],
617              language = 'c++'), \
618
619    Extension('sage.misc.search',
620              ['sage/misc/search.pyx']), \
621
622    Extension('sage.misc.reset',
623              ['sage/misc/reset.pyx']), \
624
625    Extension('sage.calculus.var',
626              ['sage/calculus/var.pyx']), \
627
628    Extension('sage.modular.modsym.heilbronn',
629              ['sage/modular/modsym/heilbronn.pyx',
630               'sage/modular/modsym/p1list.pyx',
631               'sage/ext/arith.pyx'],
632              libraries = ['gmp', 'm']), \
633
634    Extension('sage.modular.modsym.p1list',
635              ['sage/modular/modsym/p1list.pyx',
636               'sage/ext/arith.pyx'],
637              libraries = ['gmp']), \
638
639    Extension('sage.structure.mutability',
640              ['sage/structure/mutability.pyx']
641              ), \
642
643    Extension('sage.matrix.matrix0',
644              ['sage/matrix/matrix0.pyx']
645              ), \
646
647    Extension('sage.matrix.matrix1',
648              ['sage/matrix/matrix1.pyx']
649              ), \
650
651    Extension('sage.matrix.matrix2',
652              ['sage/matrix/matrix2.pyx']
653              ), \
654   
655    Extension('sage.matrix.matrix',
656              ['sage/matrix/matrix.pyx']
657              ), \
658
659    Extension('sage.matrix.matrix_window',
660              ['sage/matrix/matrix_window.pyx']
661              ), \
662
663    Extension('sage.matrix.matrix_window_modn_dense',
664              ['sage/matrix/matrix_window_modn_dense.pyx']
665              ), \
666
667    Extension('sage.matrix.strassen',
668              ['sage/matrix/strassen.pyx']
669              ), \
670                           
671    Extension('sage.rings.integer_mod',
672              ['sage/rings/integer_mod.pyx'],
673              libraries = ['gmp']
674              ), \
675
676    Extension('sage.combinat.expnums',
677              ['sage/combinat/expnums.pyx'],
678              libraries = ['gmp']
679              ), \
680                           
681    Extension('sage.combinat.partitions',
682              ['sage/combinat/partitions.pyx',
683               'sage/combinat/partitions_c.cc'],
684              libraries = ['gmp', 'mpfr'],
685              language='c++'             
686              ), \
687
688    Extension('sage.graphs.graph_fast',
689              ['sage/graphs/graph_fast.pyx'],
690              libraries = ['gmp']
691              ), \
692
693    Extension('sage.graphs.graph_isom',
694              ['sage/graphs/graph_isom.pyx']
695              ), \
696                           
697    Extension('sage.graphs.bruhat_sn',
698              ['sage/graphs/bruhat_sn.pyx']
699              ), \
700
701
702    Extension('sage.plot.plot3d.base',
703              ['sage/plot/plot3d/base.pyx']
704              ), \
705    Extension('sage.plot.plot3d.transform',
706              ['sage/plot/plot3d/transform.pyx']
707              ), \
708    Extension('sage.plot.plot3d.index_face_set',
709              ['sage/plot/plot3d/index_face_set.pyx']
710              ), \
711    Extension('sage.plot.plot3d.parametric_surface',
712              ['sage/plot/plot3d/parametric_surface.pyx']
713              ), \
714    Extension('sage.plot.plot3d.shapes',
715              ['sage/plot/plot3d/shapes.pyx']
716              ), \
717
718                           
719    ]
720   
721
722#mpc = Extension('sage.rings.mpc',
723#              sources = ['sage/rings/mpc.pyx', 'sage/rings/ring.pyx'],
724#              libraries = ['mpc', 'mpfr', 'gmp'])
725
726
727extra_compile_args = [ ]
728
729if NO_WARN and distutils.sysconfig.get_config_var('CC').startswith("gcc"):
730    extra_compile_args = ['-w']
731
732if DEVEL:
733    extra_compile_args.append('-ggdb')
734    ext_modules.append(hanke)
735    #ext_modules.append(mpc)
736
737for m in ext_modules:
738    m.libraries = ['csage'] + m.libraries + ['stdc++', 'ntl'] 
739    m.library_dirs += ['%s/lib' % SAGE_LOCAL]
740
741
742######################################################################
743# CODE for generating C/C++ code from Cython and doing dependency
744# checking, etc.  In theory distutils would run Cython, but I don't
745# trust it at all, and it won't have the more sophisticated dependency
746# checking that we need.
747######################################################################
748
749def check_dependencies( filename, outfile ):
750    """
751    INPUT:
752        filename -- The name of a .pyx, .pxd, or .pxi to check dependencies in the SAGE source.
753        outfile -- The output file for which we are determining out-of-date-ness
754
755    OUTPUT:
756        bool -- whether or not outfile must be regenerated.
757    """
758
759    if is_older(filename, outfile):
760        print "\nBuilding %s because it depends on %s."%(outfile, filename)
761        return True
762
763    # Now we look inside the file to see what it cimports or include.
764    # If any of these files are newer than outfile, we rebuild
765    # outfile.
766    S = open(filename).readlines()
767    # Take the lines that begin with cimport (it won't hurt to
768    # have extra lines)
769    C = [x.strip() for x in S if 'cimport' in x]
770    for A in C:
771        # Deduce the full module name.
772        # The only allowed forms of cimport/include are:
773        #        cimport a.b.c.d
774        #        from a.b.c.d cimport e
775        # Also, the cimport can be both have no dots (current directory) or absolute.
776        # The multiple imports with parens, e.g.,
777        #        import (a.b.c.d, e.f.g)
778        # of Python are not allowed in Cython.
779        # In both cases, the module name is the second word if we split on whitespace.
780        try:
781            A = A.strip().split()[1]
782        except IndexError:
783            # illegal statement or not really a cimport (e.g., cimport could
784            # be in a comment or something)
785            continue
786
787        if A[0] == '"':
788            A = A[1:-1]
789
790        # Now convert A to a filename, e.g., a/b/c/d
791        #
792        if '.' in A:
793            # It is an absolute cimport.
794            A = A.replace('.','/') + '.pxd'
795        else:
796            # It is a relative cimport.
797            A =  os.path.split(filename)[0] + '/' + A + '.pxd'
798        # Check to see if a/b/c/d.pxd exists and is newer than filename.
799        # If so, we have to regenerate outfile.  If not, we're safe.
800        if os.path.exists(A) and check_dependencies(A, outfile):
801            return True # yep we must rebuild
802
803    # OK, next we move on to include pxi files.
804    # If they change, we likewise must rebuild the pyx file.
805    I = [x for x in S if 'include' in x]
806    # The syntax for include is like this:
807    #       include "../a/b/c.pxi"
808    # I.e., it's a quoted *relative* path to a pxi file.
809    for A in I:
810        try:
811            A = A.strip().split()[1]
812        except IndexError:
813            # Illegal include statement or not really an include
814            # (e.g., include could easily be in a comment or
815            # something).  No reason to crash setup.py!
816            continue
817        # Strip the quotes from either side of the pxi filename.
818        A = A.strip('"').strip("'")
819        # Now take filename (the input argument to this function)
820        # and strip off the last part of the path and stick
821        # A onto it to get the filename of the pxi file relative
822        # where setup.py is being run.
823        R = A # save the relative filename in case it is absolute
824        A = os.path.split(filename)[0] + '/' + A
825        if not os.path.exists(A):
826            # A is an "absolute" path -- that is, absolute to the base of the sage tree
827            A = R # restore
828        # Finally, check to see if filename is older than A
829        if os.path.exists(A) and check_dependencies(A, outfile):
830            return True
831
832
833def need_to_cython(filename, outfile):
834    """
835    INPUT:
836        filename -- The name of a cython file in the SAGE source tree.
837        outfile -- The name of the corresponding c or cpp file in the build directory.
838
839    OUTPUT:
840        bool -- whether or not outfile must be regenerated.
841    """
842
843    base =  os.path.splitext(filename)[0]
844    pxd = base+'.pxd'
845
846    if check_dependencies(filename, outfile):
847        return True
848    elif os.path.exists(pxd) and check_dependencies(pxd, outfile):
849        return True
850    else:
851        return False
852
853def process_cython_file(f, m):
854    """
855    INPUT:
856        f -- file name
857        m -- Extension module description (i.e., object of type Extension).
858    """
859    # This is a cython file, so process accordingly.
860    pyx_inst_file = '%s/%s'%(SITE_PACKAGES, f)
861    if is_older(f, pyx_inst_file):
862        print "%s --> %s"%(f, pyx_inst_file)
863        os.system('cp %s %s 2>/dev/null'%(f, pyx_inst_file))
864    outfile = f[:-4] + ".c"
865    if m.language == 'c++':
866        outfile += 'pp'
867
868    if need_to_cython(f, outfile):
869        # Insert the -o parameter to specify the output file (particularly for c++)
870        cmd = "cython --embed-positions -I%s -o %s %s"%(os.getcwd(), outfile, f)
871        print cmd
872        ret = os.system(cmd)
873        if ret != 0:
874            print "sage: Error running cython."
875            sys.exit(1)
876    return [outfile]
877   
878
879def cython(ext_modules):
880    for m in ext_modules:
881        m.extra_compile_args += extra_compile_args
882#        m.extra_link_args += extra_link_args
883        new_sources = []
884        for i in range(len(m.sources)):
885            f = m.sources[i]
886#            s = open(f).read()
887            if f[-4:] == ".pyx":
888                new_sources += process_cython_file(f, m)
889            else:
890                new_sources.append(f)
891        m.sources = new_sources
892
893       
894
895if not sdist:
896    cython(ext_modules)
897
898setup(name        = 'sage',
899
900      version     =  SAGE_VERSION,
901     
902      description = 'SAGE: System for Algebra and Geometry Experimentation',
903
904      license     = 'GNU Public License (GPL)',
905     
906      author      = 'William Stein',
907
908      author_email= 'wstein@gmail.com',
909     
910      url         = 'http://www.sagemath.org',
911     
912      packages    = ['sage',
913                     
914                     'sage.algebras',
915                     
916                     'sage.catalogue',
917                     
918                     'sage.categories',
919
920                     'sage.coding',
921
922                     'sage.combinat',
923                     
924                     'sage.crypto',
925                     
926                     'sage.databases',
927                     
928                     'sage.ext',
929                     
930                     'sage.calculus',
931
932                     'sage.functions',
933
934                     'sage.geometry',
935
936                     'sage.games',
937
938                     'sage.gsl',
939                     
940                     'sage.graphs',
941                     
942                     'sage.groups',
943                     'sage.groups.abelian_gps',
944                     'sage.groups.matrix_gps',
945                     'sage.groups.perm_gps',
946                     
947                     'sage.interfaces',
948
949                     'sage.lfunctions',
950                     
951                     'sage.libs',
952                     'sage.libs.hanke',
953                     'sage.libs.linbox',
954                     'sage.libs.mwrank',
955                     'sage.libs.ntl',
956                     'sage.libs.pari',
957                     'sage.libs.singular',
958                     
959                     'sage.matrix',
960#                     'sage.matrix.padics',
961                     'sage.media',
962                     'sage.misc',
963                     
964                     'sage.modules',
965                     
966                     'sage.modular',
967                     'sage.modular.abvar',
968                     'sage.modular.hecke',
969                     'sage.modular.modform',
970                     'sage.modular.modsym',
971                     'sage.modular.ssmod',
972                     
973                     'sage.monoids',
974                     
975                     'sage.plot',
976                     'sage.plot.mpl3d',
977                     'sage.plot.plot3d',
978                     
979                     'sage.probability',
980
981                     'sage.quadratic_forms',
982                     'sage.quadratic_forms.genera',
983
984                     'sage.rings',
985                     'sage.rings.number_field',
986                     'sage.rings.padics',
987                     'sage.rings.polynomial',
988                     'sage.rings.polynomial.padics',
989                     
990                     'sage.tests',
991                     
992                     'sage.sets',
993                     
994                     'sage.schemes',
995                     'sage.schemes.generic',
996                     'sage.schemes.jacobians',
997                     'sage.schemes.plane_curves',
998                     'sage.schemes.plane_quartics',
999                     'sage.schemes.elliptic_curves',
1000                     'sage.schemes.hyperelliptic_curves',
1001
1002                     'sage.server',
1003                     'sage.server.server1',
1004                     'sage.server.notebook',
1005                     'sage.server.notebook.compress',
1006                     'sage.server.wiki',
1007                     'sage.server.trac',
1008                     
1009                     'sage.structure',
1010                     
1011                     'sage.dsage',
1012                     'sage.dsage.tests',
1013                     'sage.dsage.database',
1014                     'sage.dsage.database.tests',
1015                     'sage.dsage.server',
1016                     'sage.dsage.server.tests',
1017                     'sage.dsage.interface',
1018                     'sage.dsage.interface.tests',
1019                     'sage.dsage.errors',
1020                     'sage.dsage.twisted',
1021                     'sage.dsage.twisted.tests',
1022                     'sage.dsage.dist_functions',
1023                     'sage.dsage.dist_functions.tests',
1024                     'sage.dsage.misc',
1025                     'sage.dsage.misc.tests',
1026                     'sage.dsage.scripts'
1027                     ],
1028     
1029      scripts = ['sage/dsage/scripts/dsage_server.py',
1030                 'sage/dsage/scripts/dsage_worker.py',
1031                 'sage/dsage/scripts/dsage_setup.py'
1032                ],
1033     
1034      ext_modules = ext_modules,
1035      include_dirs = include_dirs)
1036
1037 
1038 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.